Ранните фунгициди са били неорганични съединения, сред които сяра на прах и медни препарати (виж Бордолезов разтвор) се използват и днес. През 1914 г. I. Reem от Германия за първи път използва органични живачни съединения за борба с пшеничната главня, което поставя началото на разработването на органични фунгициди.
През 1934 г. WH Tisdale и други в Съединените щати откриват бактерицидните свойства на диметил дитиокарбамат. Оттогава органичните фунгициди започнаха да се развиват бързо. Има три основни серии органични серни фунгициди, разработени през 40-те и 50-те години на миналия век: тирами, дисони (като цинкови дисони) и трихлорометилтиодиметилкарбоксимиди. Освен това са разработени органичен хлор, органичен живак и органични арсенови фунгициди. Повечето от тези фунгициди са защитни средства и имат ограничения в приложението.
От 60-те години на миналия век се появиха повече химически видове фунгициди и най-важният напредък е появата на системни фунгициди.
През 1965 г. Япония разработи органофосфорния фунгицид Daobenjing. През 1966 г. Съединените щати разработиха вистерин. През 1967 г. Съединените щати разработват беномил. През 1969 г. Япония разработи тиофанат. Трициклазолът е разработен в Съединените щати през 1977 г., металаксилът е разработен в Швейцария, а алуминиевият триетилфосфат е разработен във Франция през 1978 г. Системните агенти, представени от горното, са се превърнали в основното течение на разработването на фунгициди от 1970 г. насам. В същото време селскостопанските антибиотици се развиват бързо. Органичният живак, органичният арсен и някои органични хлорни фунгициди постепенно се премахват поради токсичност или замърсяване на околната среда. Новото поколение системни агенти допълнително разшири пазара на фунгициди поради подобрените им контролни ефекти. До 80-те години на миналия век имаше повече от 200 разновидности на фунгициди. Според проучването през 1985 г. продажбите на фунгициди в света са достигнали 2,54 милиарда щатски долара, което представлява 18,4 процента от общите продажби на пестициди.
През 1984 г. продажбите на системни агенти във фунгицидите представляват 44,2 процента, а несистемните агенти представляват 55,8 процента. В продължение на почти половин век развитието на фунгицидите се фокусира главно върху средствата за превенция и лечение на гъбични заболявания, докато изследванията и разработването на средства за превенция и лечение на заболявания, причинени от бактерии и вируси, все още са недостатъчни. От 50-те години на миналия век Китай разработва главно защитни фунгициди. От 70-те години на миналия век започва да разработва системни фунгициди и селскостопански антибиотици и спира използването на органични живачни агенти. Тъй като технологията на приложение на фунгицидите е сравнително сложна, скоростта на развитие не е толкова висока, колкото тази на инсектицидите. Въпреки това защитният ефект на фунгицидите върху селскостопанската продукция все повече се признава от фермерите. С модернизирането на селското стопанство в Китай, развитието на фунгицидите неизбежно ще се ускори.